ศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) หรือชื่อเดิมคือ ศูนย์ส่งเสริมและพัฒนาพลังแผ่นดินเชิงคุณธรรม จัดตั้งเป็นหน่วยงานเฉพาะด้านตามนโยบายรัฐบาล เมื่อวันที่ 18 มิถุนายน 2547 ในสังกัดสำนักงานบริหารและพัฒนาองค์ความรู้ (องค์การมหาชน) หรือ สบร. สำนักนายกรัฐมนตรี
โดยกำหนดวัตถุประสงค์เพื่อทำหน้าที่หลักในการบริหารจัดการและพัฒนาองค์ความรู้ด้านการพัฒนาคุณธรรมจริยธรรม ตลอดจนประสานงานและสนับสนุนให้เกิดเครือข่ายองค์กร ด้านการพัฒนาคุณธรรม จริยธรรม ให้มีพลังในการพัฒนาคุณภาพประชากรของชาติในด้านคุณธรรมจริยธรรม เพื่อรักษาดุลยภาพในการพัฒนาสังคมไทย มีคณะกรรมการดำเนินงานศูนย์คุณธรรมโดยคำสั่ง สบร. ที่สามารถกำหนดเป้าหมายและนโยบายการบริหารงานด้วยตนเอง
พ.ศ. 2551 สบร. รับข้อสังเกตจากสำนักงบประมาณและสำนักงานคณะกรรมการกฤษฎีกาเกี่ยวกับการบริหารงานของ สบร. ตามมาตรา 28 ซึ่งมีลักษณะองค์การมหาชนซ้อนองค์การมหาชนคณะกรรมการบริหาร สบร. จึงมีมติยุบเลิกประกาศจัดตั้งหน่วยงานเฉพาะด้านและปรับสถานะของหน่วยงานเฉพาะด้านเป็นส่วนงานภายใน และปรับภารกิจให้สอดคล้องกับนโยบายเศรษฐกิจสร้างสรรค์(Creative Economy) การบริหารงานในสถานะส่วนงานภายในขององค์การมหาชนดังกล่าว ส่งผลให้การปฏิบัติงานของศูนย์คุณธรรมไม่สอดคล้องกับภาระงานของสำนักงานบริหารและพัฒนาองค์ความรู้ คณะกรรมการบริหารสำนักงานบริหารและพัฒนาองค์ความรู้ จึงเห็นควรให้ศูนย์คุณธรรมทำเรื่องขอแยกตัวออกมาเป็นองค์การมหาชน ดำเนินงานตามเป้าหมายที่ตั้งไว้แต่แรก โดยเริ่มดำเนินการขอจัดตั้งเป็นองค์การมหาชน ผ่านสำนักงาน ก.พ.ร. ระหว่าง พ.ศ. 2552 - 2554
พ.ศ. 2554 ศูนย์ส่งเสริมและพัฒนาพลังแผ่นดินเชิงคุณธรรม (ศูนย์คุณธรรม) ได้รับการจัดตั้งเป็น ศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) ในกำกับของรัฐมนตรีว่าการกระทรวงวัฒนธรรม ตามพระราชกฤษฎีกาจัดตั้งศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน)
พ.ศ. 2554 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 9 มิถุนายน 2554 พ.ศ. 2562 พระราชกฤษฎีกาจัดตั้งศูนย์คุณธรรม (องค์การมหาชน) (ฉบับที่ 2) พ.ศ. 2562 ประกาศในราชกิจจานุเบกษา ลงวันที่ 31 พฤษภาคม 2562